L'INFM ha sede a Genova ed è presente in tutto il territorio nazionale con numerose Unità di Ricerca e laboratori e con nove Servizi Gestionali Decentrati (SGD).
L'unità di Ricerca INFM di Padova è la sede dei Servizi Gestionali INFM per le Unità di Ricerca di Padova, Trento e Venezia. I Servizi Gestionali si occupano della gestione del personale (borse, assegni di ricerca, incarichi di collaborazione), amministrativa e contabile (ordini, missioni, contratti), della segreteria (accettazione associazioni e supporto agli associati) e degli aspetti tecnici (rete, sito etc.). Inoltre viene fornita assistenza alla predisposizione, gestione e rendicontazione di Progetti dell'Unione Europea.